آقاتهرانی در اردیبهشت ۹۱، در واکنش به انتقادات به ماجرای گرین کارت، گفت: «حضرت آیت‌الله مصباح گفتند بین اصولگراها، جبهه پایداری‌ها را درست‌تر می‌بینم. آن وقت طرف می‌آید می‌گوید فلانی گرین‌کارت دارد، خب! دارد. می‌خواهی چه کارش کنی؟ آیا دعوا سر این است؟ اصلا محل دعوا اینجاست؟ داری مردم را از دعوا منحرف می‌کنی. چرا کسی که آقا درباره‌اش می‌گوید اسلام‌شناس است و بعد از شهید مطهری و علامه طباطبایی، الان چشمم به وجود مبارک ایشان روشن است و جای خالی آنها را ایشان پر کرده است، نظرشان درباره جبهه پایداری این است؟ آن وقت ما می‌آییم و حرف‌هایی می‌زنیم که اینها گم بشود. دعوا این چیزهایی است که دارند می‌گویند؟ عین آمریکایی‌ها.»

وی همچنین در آبان ماه سال ۹۰ به داشتن گرین کارت آمریکا اذعان کرده و گفته بود: «باید از افرادی که درباره گرین کارت داشتن من سخن گفتند، پرسید که ایا اصلا کارت باطل شده من را دیده‌اند یا خیر؟ اصلا آنها می‌دانند که من در آمریکا چکار می‌کردم؟ واقعا این افراد از چه چیزی فرار می‌کنند و هدفشان چیست؟!»